Masculina: Son diversas las causas que pueden afectar la fertilidad en el hombre, ocasionando alteraciones en la cantidad, la forma, la motilidad y la vitalidad de los espermatozoides. Entre estas se encuentran las infecciones del tracto genital como las paperas y algunas enfermedades de transmisión sexual, como las infecciones por Chlamidya y Gonorrea,  la exposición a agentes tóxicos como el tabaco, el alcohol, las drogas ilícitas y algunos contaminantes ambientales. El incremento de la temperatura en los testículos  las obstrucciones de los conductos que conducen los espermatozoides desde el testículo hacia el exterior en el momento de la eyaculación, así como alteraciones genéticas en el hombre, son causa de subfertilidad. También los trastornos hormonales , metabólicos y en ocasiones problemas con el funcionamiento sexual son causantes de alteraciones en la fertilidad.

Femenina: En la mujer pueden ser causa de subfertilidad  los trastornos hormonales que interfieren con el crecimiento de los folículos en el ovario o la liberación del óvulo (ovulación), el daño u obstrucción de las trompas de Falopio, impidiendo el encuentro del óvulo y el espermatozoide la endometriosis, que ocasiona que el tejido endometrial del útero invada se localice y dañe los órganos reproductores circundantes, alteraciones estructurales del útero, como la miomatosis  uterina, algunas malformaciones congénitas y anomalias del endometrio, como la inflamación y  las adherencias entre otras.  Las alteraciones del   moco cervical que lo tornan excesivamente espeso dificulta el desplazamiento de los espermatozoides eyaculados en la vágina hacia el útero.  Existen también diversas anomalías que ocasionan perdidas gestacionales  o abortos repetidos para las cuales se pueden encontrar solución.